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质粒抽提的抽提方法
作者:Judy发布时间:2023-03-07浏览:462
质粒抽提最常用的方法是碱裂解法,它具有得率高,适用面广,快速,纯度高等特点。关于碱裂解法的原理,复旦大学生化与分子生物学实验室的网站有一篇专论,大家可以去看一下。
这是一篇美文,非常有趣。
文中提到了一个与几乎所有能查到的资料不同的观点,也是非常有启发的。当然,碱裂解法也有缺陷:容易导致不可逆的变性;不适合大质粒的抽提。碱裂解法是很剧烈的方法,质粒在碱性条件下会变性,时间一长,这种变性就成为不可逆的了 (电泳时在超螺旋前面一点点,如果有一条带,就是此变性的质粒。
所以,要降低不可逆的变性,就要控制好碱裂解的时间。 (似乎可以做这么一个推理:在碱性条件下,质粒的两条链从一点或者几个点开始分开,随着时间的延长,直到完全分开。理论上讲,完全分开的两条链要很快地配对复性,成功率肯定不可能是 100%的,而没有完全分开的两条链却完全可能 100% 配对复性。
) 碱裂解法不适合大质粒的抽提,原因也是因为该方法太剧烈,使超螺旋比例较低。文献推荐的抽提大质粒的方法是温和得多的方法,缺点是得率要低一些。现在得问题是,大质粒的拷贝数本来就低,如果抽提方法得率再不高的话,抽提起来就很费力了。
如果注意到在碱裂解法中,超螺旋比例随着碱裂解时间的延长而降低,随着粘稠度的增加而减低这个现象,完全可以使用碱裂解法来抽提大质粒的:增加试剂的使用量,使加入 NaOH/SDS 液后,溶液在 1 分钟内就能变得很清澈;立即加入中和试剂。这个实验我们没有做过,但 QIAGEN 抽提大质粒用的就是碱裂解法。
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