哥斯拉主演是亚伦·泰勤-约翰森，此片讲的是世界各国出现异常洪涝灾害的产生信号频率升高，被故意隐瞒几十年的密秘慢慢露出水面。

人们正面临一场来源于远古传说的武器战，三只强劲怪物都将轮流出场刮起逐层高潮迭起，这一场大战将会在怪物和人类中间拉响故事。

1954年，国外发觉由于应用核子武器而唤起，具备极强杀伤力的巨怪“摩斯拉”，并尝试应用核弹把它解决

但是最终仅可以使其沉寂于中国太平洋最深处。自此世界各国便协同进行所说“君王方案”，以科学研究完全消灭怪兽之方式。

1999年，泰国某矿山发生地震，参加“君王方案”的专家学者芹泽猪四郎前去调研，猜疑并不是因地壳变动所引起，在险境中看到了虫形怪物“穆托”的石油化工卵囊，也发现了有只卵化的穆透早已肇事逃逸。

日本一所核电站，由于不知道缘故地震活动引起辐射源泄露，导致与技术工程师乔·布罗迪都在核电站工作中之老婆牺牲。

2014年，乔·布罗迪的大儿子福特汽车，现是海军上尉，特长为拆弹工程爆破。他生活在美国旧金山，与出任护士的老婆艾莉育有一子。

某日，福特汽车收到日方拨打电话，他的爸爸因私闯废核电站控制区遭拘捕，必须家人前去假释。原先乔15年以来一直执着于辐射源泄露实情之查证，因此与尝试遗忘失母痛苦的福特汽车渐渐疏远。

艾莉激励福特汽车前去日本顺路修复亲子关系。将爸爸假释出时，本来福特汽车还是无法接纳乔偏执的举动，但乔的劝服下，两个人再一次前去废核电站控制区寻找证据的遗物，发觉早就并没有辐射。

乔等被士兵追捕，押运到核电站废区后边隐藏一个产业基地。产业基地居然是在过去的这种年里一直致力于科学研究一个穆托的蛹。

带队芹泽获知乔曾经是核电站的技术工程师，沟通交流后发现原来两个人猜疑核电站事件的发生缘故居然同样：以消化吸收辐射为生怪物穆托造成的。

判断躲藏在废核电站的穆托，有规律性和外界沟通交流的征兆，但不知道功效为什么。在两人前去查询中途，穆托忽然卵化，并朝中国太平洋另一端飞到。

发觉怪物出现的美国军方，早已在中国太平洋附近开展防御力下属。芹泽告之军队以穆透的杀伤力，人类武器装备没法与此对抗。

正巧因穆托和外界沟通交流期内，亦探测到“摩斯拉”清醒的回复，芹泽胆大推论人们需依靠“摩斯拉”杀伤力来解决“穆托”，一场让人难以预料的灾祸袭来。